Đầu những năm 90, ý tưởng đưa bóng đá chuyên nghiệp trở lại South Tyrol, bởi vì từ những năm 80 với FC Bolzano, đội bóng South Tyrolean không chơi nhiều hơn trong một giải đấu chuyên nghiệp. Các cuộc đàm phán để tiếp quản FC Bolzano đã thất bại. Một nhóm doanh nhân Nam Tyrolean sau đó đã tiếp quản SV Milland, vốn đang gặp khó khăn về tài chính. SV Milland (có trụ sở tại quận Brixen) đã chơi trước khi mua lại trong mùa giải 1994/95 ở khu vực Eccellenza, nhưng đã xuống hạng sau mùa giải vào Promozione.

1995-2000: Trong các giải đấu nghiệp dư

Đội được đổi tên thành FC SüdtirolTHER Alto Adige vào năm 1995; Alto Adige là tên tiếng Ý của tỉnh trong khi Südtirol là tên gốc tiếng Đức. Câu lạc bộ bắt đầu mùa giải đầu tiên vào năm 1995 tại Promozione khu vực (sau đó vẫn là giải đấu cao thứ bảy ở Ý). Việctthhănngg hạng ngay lập tức đến Eccellenza đã đạt được. Cũng trong giải đấu này, đội ngay lập tức đạt được vị trí đầu tiên. Từ mùa giải 1997/98, câu lạc bộ đã chơi ở giải quốc gia Serie D (V). Mỗi mùa, FC Südtirol đã có thể cải thiện và đạt được vào năm 2000, sau đó dưới thời HLV Giuseppe Sannino, thăng hạng lên Serie C2 (IV), giải đấu chuyên nghiệp thấp nhất.[4]

2000-2010: FC Südtirol ở Serie C2 (IV)

Năm 2000, công ty hợp nhất thành Fußballclub Südtirol Srl, do đó trở thành FC Südtirol và chuyển đến Bolzano [5] [cần nguồn thứ cấp] (mặc dù nó được đặt hợp pháp tại Brixen cho đến năm 2011 [2]). Câu lạc bộ đã có thể thành lập nhanh chóng trong giải đấu chuyên nghiệp. Mục đích của câu lạc bộ là hiện thực hóa việc thăng hạng vào Serie C1 càng sớm càng tốt. Đội đã thất bại trong các mùa giải sau mỗi lần vào vòng play-off. FC Südtirol gặp khó khăn về tài chính và sau đó đặt nhiều hơn vào đội trẻ. Ngay trước khi kết thúc mùa giải 2008/09, huấn luyện viên trẻ Alfredo Sebastiani đã tiếp quản đội một. Với anh ấy, câu lạc bộ có thể tránh được sự xuống hạng trong trận play- off với Valenzana Calcio.[6] Dưới thời Sebastiani, đội đã chiến thắng vào năm 2009/10 lần đầu tiên thăng hạng lên Serie C1 (III), bằng cách kết thúc mùa giải ở vị trí đầu tiên.[7]

2010 đến ngày nay: giải hạng ba của Ý

Trong mùa giải 2010-11 Lega Pro Prima Divisione, Südtirol đã xuống hạng Lega Pro Seconda Divisione sau khi thua trận "play-out",[8] nhưng vào ngày 4 tháng 8 năm 2011 đã được chuyển đến Lega Pro Prima Divisione để lấp chỗ trống.[9]

Trong mùa giải tiếp theo, câu lạc bộ đã thuê Giovanni Stroppa, người lúc đó là huấn luyện viên trẻ của Milan. Đội đã suýt bỏ lỡ các trận play-off thăng hạng. Với màn trình diễn tốt, những cầu thủ như Manuel Fischnaller và Alessandro Iacobucci đã chuyển đến Serie B.[10] Sau mùa giải Stroppa trở thành Huấn luyện viên của câu lạc bộ Serie A, Pescara.[11]

Trong mùa giải 2012-13 Lega Pro Prima Divisione, đội được huấn luyện bởi Stefano Vecchi. Với anh ấy, đội đã có thể đạt đến vòng playoff thăng hạng lên giải ba Ý lần đầu tiên trong lịch sử câu lạc bộ. Trong trận bán kết play-off, đội đã bị loại bởi Carpi, đội cuối cùng đã thăng hạng. Trong mùa giải tiếp theo, Vecchi được Carpi thuê.[12]

Mùa giải 2013-14 bắt đầu với Lorenzo D'Anna với tư cách là huấn luyện viên, người trước đây là huấn luyện viên của Chievo. Theo anh, đội có thể ghi năm điểm trong năm trận đầu tiên, điều đó không đủ cho tham vọng thăng hạng của câu lạc bộ.[13] Họ đã thay đổi huấn luyện viên và thuê Claudio Rastelli từ Bolzano. Trong suốt mùa giải, đội đã có thể thắng thế tốt hơn và cuối cùng đã đạt được vị trí thứ ba của bảng. Điều đó có nghĩa là kết quả tốt nhất của lịch sử câu lạc bộ và thành tích lặp lại của trận play-off. Ở tứ kết, đội có thể thắng Como trên chấm phạt đền. Trong trận bán kết, Cremonese đã bị đánh bại sau hai chặng. Vòng cuối cùng để thăng hạng lên Serie B đã thua Pro Vercelli.[14]